A origem do município de Itaquaquecetuba remonta a uma das doze aldeias, fundadas pelo padre jesuíta, José de Anchieta, em sua longa permanência no Brasil. Sua criação se deve ao então presidente da província, Bernardo José Pinto Gavião Peixoto, com o nome de Vila Nossa Senhora d'Ajuda, em 8 de setembro de 1560, sendo estabelecida na beira do Rio Tietê, para catequizar os guaianases.
Nas décadas de 10 e 20 do século XVII, entretanto, a aldeia ficou quase deserta já que, por ordem de Fernão Dias Paes, desejoso de ter um maior controle dos índios catequizados, a maior parte de sua população foi transferida para aldeia de São Miguel, mais próxima a São Paulo, onde havia sido erguida uma nova capela. A população recomeçaria a crescer apenas em 1624, quando o padre João Álvares, construtor da capela da Conceição de Guarulhos e também a de São Miguel, decidiu levantar em sua propriedade, localizada bem ao lado da aldeia de Itaquaquecetuba, um oratório em louvor a Nossa Senhora d'Ajuda que, em seguida, tornar-se-ia capela. Este foi o marco inicial da povoação, que logo viria a se fixar em seu redor, com o nome, justamente, de Nossa Senhora da Conceição de Itaquaquecetuba, recuperando, assim, o topônimo do antigo aldeamento, elevado à freguesia pela lei Nº 17, de 28 de fevereiro de 1838.
O primeiro Censo realizado na Aldeia de Nossa Senhora d'Ajuda, em 1765, apresentou os seguintes resultados: 59 "iogos" que eram habitados por 109 mulheres e 117 homens. Pouco cresceu a aldeia que neste estado permaneceu quase duzentos anos. Foi com a inauguração da Variante da EFCB, em 1925 que Itaquaquecetuba começou a crescer e a prosperar.
A denominação reduzida para Itaquaquecetuba ocorreu somente no século XX, quando se separou de Mogi das Cruzes, com sua elevação a município, e com o território do respectivo distrito, pela lei Nº 2.456, de 30 de dezembro de 1953, posta em execução a 1º de janeiro de 1954. Como município, ficou constituído de um único distrito, o de Itaquaquecetuba.
A rigor, o topônimo significa ajuntamento ou reunião de taquaras-faca (uma espécie de taboca ou taquara com cujos ramos, cortantes, se faziam facas), e é formado pela composição de takûara (taquara, taboca), kysé (faca) e tyba (ajuntamento, reunião, abundância), referindo-se a um imenso taquaral que existia na aldeia, no tempo de sua fundação, margeando os rios Tietê e Tipóia. O i parece que é uma prefixação arbitrária, isto é, não vem do tupi, e talvez tenha sido motivado pela grande quantidade de topônimos formados pela palavra pedra em tupi, que é itá. Em Itaquaquecetuba passa a linha imaginária do Trópico de Capricórnio.
